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壁式RCは、耐震等級２を取ることすら必要ないくらい強いことが記載されている

RC造にも大雑把に2種類の造り方だあります。
一つはラーメン構造と行ってビルやマンションなどの大きな建物に多く、柱と梁で応力（司直荷重、水平荷重＝地震力等）を負担します。
二つ目は小さな建築物に多く採用される（5階建て以下のマンション等にも）壁式RC造です。
工務店が勧めている工法はどちらか分かりませんが、「壁式RC造」は今までの地震の経験で一般的には、「地震に強い建物」とされています。
実際に住宅規模の3階建て程度の「壁式RC造」はとても地震に強いと実感します。
RC造の強度は鉄筋とコンクリートの強度で決まる場合が多いですので、ラーメン構造の場合は地震に強い建物にする為には、柱と梁に多くの鉄筋を配置する
必要が出てきます。そうなると柱と壁が鉄筋だらけで、コンクリートがスムーズに入っていかなく
なってしまします。
このような場合は構造計算をするのにとても苦労するのが現状です。
「壁式RC造」を選択するのであれば、「耐震等級2」は必要無いくらいに強い
と思いますよ。

１、耐震等級は阪神淡路大震災後の品質確保法で決められた基準ですが、基本的には木造２階建てを想定しています。（当時それが一般的だったからです）
２、耐震性能とは、木造とRC造など構造種別やラーメン造や壁式造などの構造方法によって建物の揺れの特性が異なります。そもそも木とRCでは揺れ方が違うと言う事です。
３、地盤の特性も重要です。RCはそもそも重いので地震の力が大きくなり地盤への負担も大きくなります。簡単に言えばRC造には相応の地盤が必要と言う事です。
４、木造とRC造では施工方法（管理方法も職人も）も全く違うので一般的に施工会社も異なり住み分けています。
私のおススメは、地盤がRC造でも可能で、施工会社もRC造が得意であり、費用も足りるのであれば、壁式RC造です。耐震等級は特に取得しなくても良いと思いますが、心配であれば構造計算において耐震性能を少し上げてもらうと良いと思います。