建築確認申請について

[きりん]

　建築条件付きの土地で、全くのフリーから設計し、新築する予定です（なので建築条件付きとはいえ注文建築のようなものになると思います）。

　現在、つなぎ融資待ちで融資ＯＫが出次第着工、というところまで来ていたのですが、どうしても変更したい事由が出てきました。
　着工前なので変更はできるのだが、建築確認申請の取り直しの為、設計料がまた新たにかかる、と言われました。その額１４万円（初めの見積もりで設計料が２０万円で、うち６万がコーディネーター料なので、設計料としては１４万円くらいではないか、と）。
　書類を作り直す為の人件費等考えたらそれくらいかかるそうです。
　業者は工務店さんで、設計は外注のようです（そういった説明は一切されてない）。

　お聞きしたいのは、建築確認申請のやりなおし、設計し直しでそれくらいかかるのは仕方ないことなのでしょうか。

　

[2: きりん（続きです）]

　変更事由というのは、今ある図面を反転させたいのです。分かりづらいかもしれませんが、要は今ある図面を鏡に映したように右と左を逆転させた状態で建築したいのです。
　なので、配管の位置等は変わってきますが、全く新たに設計し直す、ということでもないように思うのですが・・・。この代金がかかってくることに納得がいかない理由として、「建築確認申請」についての説明がなく、いつもどおりの打合せで、話しがだいぶん詰まってきて、地鎮祭を終え、ローンの認可待ちをしている時にいきなり業者から「建築確認申請の承認が下りました」とメールで言われたことでした。
　私達は委任状も書いてない（認め印は預けてあります）し、いつ「建築確認申請」を取るかも聞いてなかった（ローンが通って土地の決済をしたら着工とは聞いていましたが・・・）。
　また、まずこの「建築確認申請」というものがどういったもので、これを取ることによりどういった変更がきかなくなるのか、という説明が無かったんですね。「建築確認申請書」も頂いてません。なので現場監理者も知りません（現場監督者はいますが）。
　私の無知からなすところですが・・・（いろいろ勉強していますがやはり素人には難しいです。これだけぎりぎりになっての変更も良くないのでしょうが、着工前に気付いたので是非変更はしたいです）。
　この経緯があり、「いきなり取られていた建築確認申請により、変更するならまた設計料がかかりそれが１４万円になります」というのはどうしても納得がいかないのです。
　こういった事を理由に、この金額を減額もしくは無くする為の交渉をしても良いのでしょうか。
　それとも、これは常識的な事や金額なのでしょうか。

　ちなみに、この業者さんは、本契約までに２ヶ月に渡って打合せをしましたし（契約、手付け金などを全く急かさなかった）、契約時もきちんと説明をしてくれました。
　誠実な業者さんだと思っておりましたので、信頼して認め印もお渡ししておりました（印鑑を使用する際には説明があると思っていた）。

　長々とすみません。納得のいかない事は解決して前にすすめたいので、よろしくお願い致します。