建築確認申請について

[きりん]

　建築条件付きの土地で、全くのフリーから設計し、新築する予定です（なので建築条件付きとはいえ注文建築のようなものになると思います）。

　現在、つなぎ融資待ちで融資ＯＫが出次第着工、というところまで来ていたのですが、どうしても変更したい事由が出てきました。
　着工前なので変更はできるのだが、建築確認申請の取り直しの為、設計料がまた新たにかかる、と言われました。その額１４万円（初めの見積もりで設計料が２０万円で、うち６万がコーディネーター料なので、設計料としては１４万円くらいではないか、と）。
　書類を作り直す為の人件費等考えたらそれくらいかかるそうです。
　業者は工務店さんで、設計は外注のようです（そういった説明は一切されてない）。

　お聞きしたいのは、建築確認申請のやりなおし、設計し直しでそれくらいかかるのは仕方ないことなのでしょうか。