>>43
長くなりますが、まとめて回答しますね。

１　高温接続と低温接続について

エコジョーズボイラは、セントラル暖房を接続する配管の他、床暖房や浴室暖房乾燥機を接続できる配管をもう1つ持っており、２本同時に運転することができます。この２つの配管が「高温」「低温」となっており、２種類同時接続する際は、セントラルを高温側、床暖房等を低温側にします。

しかし、単体の回路（セントラル暖房）しか接続しない場合は、どちらか片方に接続すればいいわけです。密閉配管を接続する工事なので、施工時に選択するしかありません。

以前、北ガス系列の営業の方から聞きましたが、エコジョーズ黎明期は「低温」側で接続していたそうですが、リフォームで導入した世帯から温まりが悪いとのクレームを受け、今は高温接続を推奨しているとのことでした。

（断熱が悪い家だと部屋が温まるまでの立ち上がりにかなりのエネルギーを必要とするので、低温側では能力が足りなかったと推測されます。）

断熱に優れた現在の建築では、低温側でも十分暖房できるので、我が家はあえて低温接続にしています。

なお、低温側に接続するデメリットが１つあります。エコジョーズは、風呂の追い炊きに暖房側回路の熱源を間接的に使っていたと記憶しています。
入浴中の追い炊き、保温なら何ら不足はありませんし、さし湯は給湯側回路なので影響はありませんが、前日の冷めた残り湯を追い炊き機能だけで沸かすような使い方の場合は、高温接続より効率が悪いかもしれません。（このような使い方は、水道代はともかく、ガス代がすごくムダな気がするので試したことはありませんが。）

２　リモコンについて

リンナイの寒冷地向けエコジョーズのカタログリンク貼ります。
http://rinnai.jp/products/coldregion/pdf/021_hotWaterSupply1.pdf

寒冷地セントラル暖房のリモコンは、カタログ３ページ目のＦＣ-06ＭＤＨ　という24時間タイマー付きの独立タイプが一般的で、建売や注文住宅でも特に指定しなければこのリモコンが付く場合が多いようです。ただ、温水温度調節が２段階しかできないのが弱点です。

そこで我が家では、その下にある　ＭＣ-220ＶＫ-ＦＬ　と同型（の旧型）タイプを使っています。温水温度調節が７段階できるのが最大の特徴ですが、タイマーは入り切り１回づつしかできません。
また、サービスマン用の裏コマンドで不凍液の温度をモニターできるので、循環している不凍液の温度変化から、暖房回路に掛かっている負荷を推測できます。（例えば、なかなか温度が上がらない時は出力が不足している、早く温度が上がってボイラーがすぐ止まるときは出力過剰、という具合）

タイマーについてですが、エコジョーズは運転開始時に、毎回スタートダッシュ的な強運転をすることから、24時間タイマーを使った小まめな入り切り運用には、私は懐疑的です。また、就寝中に運転停止するという運用も聞きますが、夜から明け方は１日の最低気温を記録する時間なので、その時間に室温を下げると、上げるためにかなりのエネルギーを必要とするので、これもどうかなと思ってます。

我が家では、低温で24時間入れっぱなしか、日中の日差しが入る不在時に１回だけ止める使い方をしています。リモコンのタイマーが１日１回しか入り切りできない事情もありますが、室温が下がりにくい時間帯に止めることは、室温を一定に保つというセントラル暖房の理に適った使い方でないかと考えたからです。春秋は夜だけ入れるという使い方もできます。

３　１と２はどちらが効果的か

　直感ですが、リモコンの方が効果が大きいと思います。その分手間もかかります。自動で放っておきたい方にはお勧めしません。
　自分で言うのも何ですが、これはかなり極端な運用で、まわりでも聞いたことはありません。
　しかし、北ガスが値上げする前は、年間光熱費が電気込みで２０万円程度、現在でも25万前後で、北ガスのホームページでコスト計算例としている32万円程度よりかなり安く済んでいることは事実ですので、ご参考となれば幸いです。