私の場合と比較してあまりにも内容が異なるので私の場合を紹介させていただきます。

1.地盤調査について
　私の場合大手HMと2社で検討しましたが、両社とも最初に地盤調査を実施しました。
　地盤の強弱で地盤改良工事の有無・価格が変動するためです。
　敷地及び周辺調査無しに間取りの提案はあり得ないと思います。
　両社ともほぼ同様の結果で、当然調査費用の請求もありませんでした。
　
2.申込金について
　通常注文住宅の場合どのHM、工務店も下記の流れと思われます。
　①モデルハウス・内覧回等実施後相談
　②ヒアリング・予算計画
　③敷地・地盤調査
　④概要設計（間取り設計有料の場合もありますがそこは優良だと思います）
　⑤プランの検討・修正後、概算金額の提示
　　ここまで来ると今回注文した家の大体のグレードが見えてきます。
　　気密断熱レベル、設備（窓・キッチン等）、換気の種類なども含みます。
　　私の場合、ここで二者択一を迫られました。
　　両社とも紳士的で信頼できましたが、藤島建設さんを選択しました。
　⑥仮契約
　　初めて仮契約金を入金しました。

　以上のような流れでした。
　
3.外壁への言及
　上記2-⑤で明細が提示されます。
　注文住宅ですので対価を払いグレードアップすればよいだけに思えますが如何でしょうか。　
　坪単価で全体を丸めるた金額が提示されることはありません。
　
　
長々と書いて申し訳ありません。
108さんは、間取り提案にご不満が有ったようですが、『外部デザイナー』を提案される状態ではそもそも無理があると思います。
申込金の返金対応されたようですので選択しなかった会社の悪口は言わず、自分に合った会社を選択して下さい。
家づくりは選択の連続である意味ストレスを感じるときもありますが、頑張ってください。