共有地を勝手に駐車場にしている

[理事]

当マンションは自主管理で築30年ほどになります。
もともと土地所有者とその店子がおりましたが、土地所有者はマンションの１室に住み、店子は１Ｆで店舗を借りることになりました。

が、この店子は店舗前のマンション共有地に４台もの車を１日中駐車しており、なんと理事会への報告もなくここに車庫証明までとっていました。（これを認めた警察にも問題ありだと思いますが）
それも「うちは６０年もここに車を止めて仕事してるんだ」と主張しています。

さんざん揉めて車の買い替え、リース期限をもって今後はこの土地において車庫証明は取得しない旨の確認書を交わしましたが、これをもとに現在４台中２台はほかで車庫証明をとっているであろうと思われるはずなのに、相変わらずこの店舗前に駐車し続けています。

これって法律違反じゃないですか？
それにこの２台分の車庫証明は見せてもらえません。

現在、元の土地所有者は死亡、転売され別の所有者がおり、この所有者はこの共有地の使用料を月々支払っていますが、店子には「どうぞご自由にお使いください」と言っているらしいのですが、これもおかしなことじゃないですか？

区分所有者誰もこの土地を駐車場にしてよい、なんて言ってません。
喫茶店も入っているので営業時間中の便宜上、使用許諾をしているはずでしたが、どうやらその文言がしっかりと入っていないのも原因のようです。

今から「営業時間中に限り使用を認める」といった規約変更はできるのでしょうか？
なにより、勝手に共有地を「自社駐車場」として車庫証明をとっている車両に出て行ってもらうことはできますでしょうか？

御教示お願いいたします。