基礎を切る

[ma]

はじめまして
不安なことがあるので教えてください。
工務店と設計しているところです。
玄関横の土間収納を作ったのですが、どうせなら外からも出し入れしたい！ということで、勝手口のようなドアをつける事になりました。
ところが、そこからバイクなど出し入れする場合、基礎部分の50センチほどが高すぎて使いにくく、建築士と相談したところ、完成後に基礎を切る方法を提案されました。
せっかくしっかりとした基礎をしてもらっても、切ってしまっては意味がないのでは？と心配しています。
しかも完成後に、というのが余計に？？なのです。
こういうことはよくあるのでしょうか？