お知恵をお貸しください 業者との契約関係の取り交わし方

[契約済みさん]

自分でもどうするが良いのかわからなくなってきたので、皆様にお知恵をお借りしたい次第です。

状況としては、
・不動産会社からは、土地売買契約・建築請負契約を同時に契約し、後に土地・建物売買契約に一本化すると説明され、土地売買契約・建築請負契約の前に（自分としては）土地・建物の説明を十分聞き、契約
・土地について決済をし、名義を自分に変更（土地分のローン支払い開始）
・プランニングをし、間取り・仕様は納得のいくものができた。
・確認申請が通り、現在建物を建築中（建築主は売主）
・土地・建物売買契約を締結の為、不動産会社と話し合い中
といった感じです。

上記の流れの場合、後に実行する（かもしれない）
・住宅ローン控除
・住宅ローンの借り換え
・物件の売却
に問題が発生しない為には、不動産会社とどのような取り交わしをしておけばよいでしょうか？

土地・建物売買契約のたたき台を不動産業者からもらったのですが、契約日が確認申請日前になっていたり、不動産会社も自分たちから言い出しておきながら、困っている様子。
今なら柔軟に要望を聞き入れてもらえる状況です。

「そんな契約をしたあなたが悪い！」といったマイナス意見はご容赦下さい。

何卒よろしくお願い致します。