収入合算→離婚後のローン借り換えについて

[困った]

収入合算で共有持分1/2ずつで融資をうけ、数年後に離婚しました。
融資内訳 住宅金融公庫で1970万 主債務者：夫 連帯債務者：妻
年金住宅融資で820万 主債務者：妻 連帯保証人：夫
物件を手放すことがいちばんすっきりするのはわかっていたのですが、
結局私（妻）が共有持分と債務の両方を100%ひきとることになり、
家庭裁判所の調停調書によって共有持分全部移転登記手続をしました。
本来なら、住宅ローンを借換て持分を移すのが筋なのですが、離婚直後は
転職して間もなかった為、借換ができず持分のみを移してしまいました。

借換にめどがたちそうなので本日、みずほ銀行に住宅ローンの相談に行ったのですが、
住宅金融公庫は夫婦が連帯債務者になっていて、抵当権に二人の名前がはいっているので
まず住宅金融公庫の債務を私一人にしてからでないと、保障会社の審査が通らないかも
しれないとのことでした。
一応、家庭裁判所の調停調書を資料として出して保障会社の審査を待つことになりました。

住宅金融公庫の債務を私一人にするということは住宅金融公庫で借り直すということでしょうか。
その際、保障料とか、登記料とかの費用がまたかかるのでしょうか。
更に、共有持分全部移転登記手続をすでにしてしまっていることで不都合がおきたりしませんか。

今更ですが、家庭裁判所の人の「これ(調停調書)を持って行けば司法書士が手続きしてくれますよ」
という言葉を鵜呑みにして、銀行に相談しなかったことを後悔しています。