戸建の土台 ベストな材種は？

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建築条件付き住宅を購入しました。在来工法での建築となるのですが、知人に『土台などの材種は料金が上がってでも良い材種を使った方が…』との事でしたので、施工会社へ話した所『10年保証の絡みで、材種は指定出来ない』との事。標準仕様は、主要構造部集成材その他・国産材・輸入材となっています。フリープランでの建設なので外壁や内装その他諸々に関しては、こちらの希望を取り入れて、その度にオプション価格となる事も多いのですが、躯体部分に関しては、無理なのでしょうか？
集成材に種類やランクみたいな物は無いのでしょうか？

素人の為、どのような材種が適してるのか分かりません。
是非教えて下さい。